Anfitriones en comisión de servicio en el Reino Unido
Cátedra Personal de Genética Molecular de Mamíferos, Instituto Roslin
- Secuenciación del genoma de animales de granja.
- Secuenciación del genoma de especies de Suina
- Filogenómica
- Genética de rasgos complejos.
Líder de equipo senior, recursos de secuencia de proteínas
- Caracterización computacional de proteínas que interactúan con el huésped bacteriano.
- Investigación de la composición de dominios de proteínas, descubrimiento de nuevos dominios de proteínas, análisis de mutaciones correlacionadas y análisis de secuencias de dominios de unión al huésped.
Jefe de Servicios de Química
- Descubrimiento computacional de drogas
- Diseño de moléculas (incluido el diseño basado en estructuras)
- Química, química computacional, quimiogenómica
- Aprendizaje automático
- Extracción de textos
Jefe de formación en EMBL-EBI
- Desarrollo de materiales de capacitación y métodos de capacitación relevantes para los tres desafíos de CABANA.
- Pilotaje de participación remota en cursos
- Adaptación y traducción de materiales de capacitación existentes para nuevos públicos objetivo, como estudiantes universitarios y escuelas.
Jefe del Servicio de Referencia de E. coli, Shigella, Yersinia y Vibrio
- Salud pública genómica y bioinformática
- Secuenciación del genoma completo y análisis de infecciones gastrointestinales.
Líder de equipo - equipo de O'Donovan: Metabolómica
- Identificando los metabolitos de organismos modelo
- Identificar los metabolitos de los cultivos comerciales y sus patógenos.
- Construyendo un conjunto de referencia de compuestos químicos y su contexto metabolómico
Jefe de Equipo, Análisis del Genoma
- Definición de elementos reguladores a partir de grandes conjuntos de datos epigenómicos.
- Definición de interacciones cis-reguladoras de Hi-C y eQTL
- Tubería de análisis funcional de GWAS
Líder de grupo - grupo de investigación Petsalaki
- Temas relacionados con la inferencia de red y la integración de datos.
Jefe de equipo, Coordinación de datos y archivo
- Curando y agregando valor a los datos en el área del Zika y / u otros patógenos actualmente relevantes, incluidos los patógenos bacterianos
Líder de Equipo Redes Moleculares
- Curación de las vías humanas / patógenas en Reactome (idealmente varios proyectos de seis meses, cada uno sobre un tema de enfermedad diferente)
- El índice de descubrimiento de Omics: descubrimiento eficiente de conjuntos de datos de omics locales y globales
Jefe de equipo - Expresión génica
- Análisis o visualización de transcriptómica masiva y unicelular
- Vinculación de la expresión génica a los fenotipos
- Caracterizando tipos de células
Director emérito de EMBL-EBI y científico principal
- Uso de enzimas en biotecnología: diseño y evolución
- Uso de enzimas en biotecnología: diseño y evolución
Líder del equipo de proteómica
- Desarrollo de enfoques de integración de datos que involucren datos de proteómica de espectrometría de masas
- Reanálisis de conjuntos de datos de proteómica para crear una vista actualizada del proteoma o metaproteoma (por ejemplo, para patógenos, cultivos o especies ganaderas latinoamericanos relevantes)
- Análisis de proteogenómica y actividades relacionadas de anotación del genoma para organismos relevantes en América Latina
Jefe de equipo, anotación eucariota
- Anotación de genoma de vertebrados y genómica comparativa
- Genómica de helmintos (gusanos parásitos)
- Genómica del organismo modelo
Líder del equipo: desarrollo de la función proteica
- Anotación computacional de secuencias de proteínas, minería de datos y herramientas de análisis.
- Tecnologías de integración de datos y formato
- Diseño de visualización de datos de proteínas y tecnologías web.
- Servicios de enzimas y biocatálisis.
- Servicios de ontología genética y acceso programático
Director asociado de servicios EMBL-EBI, científico sénior y jefe de servicios de genes, genomas y variación
- Genómica de especies ganaderas o especies de vertebrados en peligro de extinción
- Genómica de cultivos y patógenos.
Líder de grupo - grupo de investigación de Beltrao
- proyectos de investigación sobre el tema de la evolución de las redes celulares, proteína de regulación después de la traducción, la genómica del cáncer o genotipo fenotipo de mapeo.
Jefe de Equipo, Secuencia de Familias
- Análisis de conjuntos de datos metagenómicos de diferentes nichos ecológicos para comprender el repertorio taxonómico y funcional presente y la adaptación
- Recuperación de genomas de conjuntos de datos metagenómicos, identificación e investigación de nuevas proteínas y vías.
- Curamiento de entradas de Pfam para genomas específicos de relevancia agrícola o de enfermedad
Jefe de Producción Web
- Desarrollo de nuevos servicios web o acceso programático a ellos.
Jefe de equipo, Banco de datos de proteínas en Europa
- Enriquecimiento de estructuras macromoleculares 3D en el PDB con anotaciones de valor agregado y análisis de conjuntos de datos ensamblados
- Desarrollo de innovadoras herramientas de visualización basadas en web para datos de estructura 3D.
Líder de equipo - Contenido de la función de proteína
- Curación de conjuntos de datos de proteínas asociados con las áreas de desafío de CABANA (en asociación con Maria Martin)
Coordinador de entrenamiento científico
- Desarrollo de programas de capacitación y planes de estudio (tanto presenciales como en línea).
- Análisis de calidad e impacto de la formación.
- Desarrollo de nuevos formadores y tutoría.
Jefe de equipo, Archivo Europeo de Genoma-Fenoma y Archivo Europeo de Variaciones
- Diversidad de roedores, genética y genómica de roedores, adaptación ambiental
Líder del grupo de investigación - grupo de investigación Iqbal
- Diagnóstico y vigilancia de la resistencia a los medicamentos en la tuberculosis, en América del Sur y en todo el mundo.