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CABANA e-Learning: Cuatro nuevo cursos y más en preparación

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Anunciamos la publicación de cuatro cursos para la comunidad bioinformática:

Los autores son colaboradores del proyecto CABANA entre los que se encuentran Ángela Peña, Alejandro Sánchez, Randall Jiménez, Alejandro Madrigal, Alejandro Reyes y Rebeca Campos.

Todos los tutoriales están publicados en español e inglés para ser utilizados en la plataforma CABANA (https://www.cabana.online/elearning). Esperamos que estos recursos sean útiles para la docencia en las universidades y para los autodidactas. Te animamos a que los pruebes y los compartas con tus comunidades.

Podés ir a esta página web para comenzar y registrarte: https://www.cabana.online/

Un recorrido rápido por la plataforma también podría ser útil:

Video en inglés https://youtu.be/A6VJ3a5C7m0https://youtu.be/A6VJ3a5C7m0

Vídeo en español https://youtu.be/mDHh5bhGihE

 

 


Bioinformática en América Latina: Simposio ISCB-LA SOIBIO RMB 2020

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Royal Society Publishing ha publicado recientemente un número especial de Interface Focus titulado Bioinformatics in Latin America: ISCB-LA SOIBIO RMB Symposium 2020 organizado por Alejandra Medina Rivera, Maribel Hernández Rosales, Diane Kovats, Javier De Las Rivas, Diego Ortega-Del Vecchyo, Yalbi Balderas, Selene Fernández Valverde, Allan Orozco, Bel Hanson, Seth Munholland y Cath Brooksbank.

Lea los artículos desde aquí https://royalsocietypublishing.org/toc/rsfs/2021/11/4

También hay una publicación de blog en https://royalsociety.org/blog/2021/06/advancing-bioinformatics-research-in-latin-america/

Una versión impresa también está disponible a un precio especial de £ 35.00 en debbie.vaughan@royalsociety.org

 

 


La tercera convocatoria de adscripciones CABANA está ABIERTA

Las adscripciones de investigación de CABANA tienen como objetivo catalizar colaboraciones duraderas entre investigadores en América Latina y grupos de bioinformática en el Reino Unido.

Los científicos de América Latina pueden solicitar una adscripción de 6 meses para realizar un proyecto de investigación bioinformática en las áreas de desafío del proyecto CABANA. Sin embargo, esta convocatoria está enfocada en temas de interés para instituciones latinoamericanas como:

  • El genoma del SARS-CoV-2, su evolución y epidemiología en América Latina.
  • Secuenciación del genoma completo de la raza II y secuenciación de baja cobertura de doce aislados adicionales de la roya del café, Hemileia vastatrix.
  • Análisis de la diversidad genética natural e inducida de poblaciones de café en Costa Rica y México utilizando GBS.
  • Paleometagenómica de microbialitas en la Puna.
  • El genoma de la yerba mate (Ilex paraguariensis).
  • Explorando los microbiomas de suelos asociados con sistemas agrícolas contrastantes en América Latina. 
  • Diversidad genómica de levaduras asociadas a la fermentación natural del agave.

 

Particularmente interesante esta vez, es que la mayoría (si no todas) las adscripciones serán virtuales, lo que permitirá una interacción más fácil con múltiples investigadores en la región y en EMBL-EBI. Busque más detalles aquí y presente su solicitud pronto, la fecha límite es el 12 de febrero de 2021.

 


Lanzamiento de CABANA e-Learning en español e inglés

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La comunidad del proyecto CABANA ahora puede acceder a los primeros dos cursos de bioinformática llamados Fundamentos de Transcriptómica y Fundamentos de Metagenómica (parte I). La visión de estos recursos es que las personas pueden aprender bioinformática básica y de alto nivel en cualquiera de estos idiomas, español o inglés, porque el idioma a veces puede ser una barrera para aprender al principio. Los cursos actuales cubren la teoría de estos dos métodos, incluido el diseño experimental, las tecnologías de secuenciación y los pipelines básicos de bioinformática.

Estos cursos fueron desarrollados por científicos y profesores experimentados, y han pasado por un proceso de revisión para garantizar una ciencia buena y actualizada.

Planeamos publicar en los próximos meses el curso Fundamentos en Genómica y múltiples cursos prácticos con ejemplos de datos reales relevantes para las tres áreas de desafío de CABANA. ¡Es tiempo de aprovechar esta oportunidad en análisis de datos!

Vaya a esta página web para comenzar y registrarse: https://www.cabana.online/

Vea este video corto de la plataforma:

Video en inglés https://youtu.be/A6VJ3a5C7m0https://youtu.be/A6VJ3a5C7m0

Video en español https://youtu.be/mDHh5bhGihE

 


Becas de viaje para SoiBio 2019

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Las solicitudes ya están abiertas para que CABANA Travel Fellowships participe en la X Conferencia Internacional de Bioinformática - SoIBio + 10 que tendrá lugar en Montevideo (Uruguay) del 28 de octubre al 1 de noviembre de este año 2019 (https://sites.google.com/view/soibio19/home)

Condiciones:

  1. Las becas de viaje de CABANA se otorgarán a científicos (principalmente estudiantes de doctorado o jóvenes postdoctorales) de países elegibles de América Latina (es decir, países indicados en el formulario de solicitud), que envíen una comunicación a la X Conferencia Internacional de Bioinformática - SoIBio + 10
  2. Las Becas de Viaje CABANA ofrecerán a los becarios seleccionados una subvención para cubrir las tarifas de inscripción, el alojamiento en el hotel y los vuelos de regreso a la X Conferencia Internacional de Bioinformática - SoIBio + 10. La subvención tiene un límite máximo de £ 1125 por persona. La inscripción y el alojamiento se pagarán directamente a la Conferencia una vez que se seleccione al solicitante. El vuelo será reembolsado a cada compañero de viaje al presentar un formulario de reclamo de viaje (que será proporcionado por CABANA) que debe incluir una copia del boleto aéreo y los pases de abordar.
  3. Las Becas de Viaje CABANA se otorgarán de acuerdo con la calidad de la comunicación científica enviada a la X Conferencia Internacional de Bioinformática - SoIBio + 10, pero también teniendo en cuenta el CV y las necesidades del solicitante. Se alienta especialmente a los investigadores en etapa temprana, las mujeres y los grupos subrepresentados a presentar su solicitud.
  4. Para la solicitud, los candidatos deben completar este Formulario de solicitud de CABANA (https://forms.gle/DqM5jZ1R6xQzF7Yj6) y al mismo tiempo llenar el Formulario de inscripción de SoIBio + 10 en el sitio web de la Conferencia. En el formulario CABANA, se le pedirán los siguientes documentos: (i) copia del título y el resumen (500 palabras) de la comunicación enviada a la Conferencia; (ii) un breve CV (no más de 2 páginas que indiquen el grado, el estado actual y la institución); (iii) un breve presupuesto que calcula aproximadamente el costo de su vuelo (es decir, boletos de regreso a Montevideo).
  5. La fecha límite para la solicitud de las Becas de Viaje CABANA es la medianoche UTC del viernes 6 de septiembre.

Bienvenido a la nueva secundaria de CABANA, Mayra Osorio

Osorio

Mayra Osorio se ha unido al equipo de expresión génica EMBL-EBI por su comisión de servicio en CABANA. Organizado por la Dra. Irene Papatheodorou, el proyecto de Mayra es caracterizar y comparar la respuesta fenotípica al estrés por déficit hídrico de dos genotipos de cacao con un comportamiento fisiológico contrastante a este tipo de estrés. Usando un enfoque transcriptómico (RNAseq), espera desarrollar canales de análisis para el análisis de expresión diferencial de datos transcriptómicos, coexpresión y modelado de redes reguladoras y transcriptómica comparativa. Este conocimiento debería beneficiar a los programas de mejoramiento y contribuir a mejorar el rendimiento, la sostenibilidad y el bienestar en torno al cultivo de cacao.
Mayra está adscrita a la Pontificia Universidad Javeriana, Colombia, donde es estudiante de doctorado en el laboratorio de Biología de Cultivos y Plantas del Departamento de Biología.


El análisis genómico de la biodiversidad de cultivos utilizando el curso R se ejecutó con éxito en LANGEBIO en México

Genomic Analysis of Crop Biodiversity using R course successfully run at LANGEBIO in Mexico

El taller de Análisis Genómico de la Biodiversidad de Cultivos de CABANA usando R, tuvo lugar del 25 al 28 de junio de 2019, en LANGEBIO, CINVESTAV en México. Dieciocho delegados de cinco países recibieron capacitación en marcadores moleculares, programación R, agrupamiento jerárquico, diversas métricas de diversidad de marcadores de ADN, selección de subconjuntos centrales, asociación de fenotipo-genoma y diseño de estudios de biodiversidad. Según lo solicitado por los alumnos, también se cubrieron los conceptos y análisis sobre GWAS (Genome-Wide Association Studies). Los datos para las actividades prácticas provienen de microsatélites de maíz, transcriptoma de chile y un gran conjunto de datos de SNP de trigo. CABANA brindó becas a nueve delegados de América Latina. Nuestro agradecimiento a los instructores Octavio Martínez y José Manuel Villalobos-Escobedo (Langebio, Cinvestav, México) y M. Humberto Reyes-Valdés (Universidad Autónoma Agraria Antonio Narro, México).


El video de CABANA ya está en vivo

The CABANA video is now live

¡Aprenda más sobre el proyecto CABANA en nuestro video! Conozca a los socios y escuche sobre el papel crucial que juega la bioinformática en el apoyo a la investigación en América Latina en las tres áreas de desafío de las enfermedades transmisibles, la producción sostenible de alimentos y la protección de la biodiversidad https://youtu.be/tUJ-Q4ODGbs. Video de Jeff Dowling, EMBL-EBI @jeffdowling


CABANA se une al 3er simposio latinoamericano sobre desarrollo sostenible en el Imperial College

CABANA joins the 3rd Latin American symposium on Sustainable development at Imperial College

CABANA se complace en unirse al 3er simposio latinoamericano sobre desarrollo sostenible en el Imperial College de Londres en mayo. Cath Brooksbank, Marco Cristancho, Ian Willis y Piv Gopalasingam tuvieron la oportunidad de compartir los objetivos y el progreso del proyecto. Las secundarias de CABANA, Valeria Faggioli, Federico Vignale y Carla Valeria Filippi, presentaron su investigación sobre bioinformática en agricultura, sostenibilidad, conservación y biodiversidad, y en la obtención de girasol. "La experiencia de asistir y presentar resultados en el simposio fue impresionante por muchas razones", dijo Valeria Faggioli. ‘En primer lugar, podría reunirme con colegas de América Latina que trabajan en el Reino Unido en muchos temas relacionados con cuestiones clave sobre la sostenibilidad de la producción de alimentos en América Latina. Además, como miembro del Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria en Argentina, la reunión representó la oportunidad de generar redes internacionales para futuras colaboraciones con respecto al uso de la bioinformática en diferentes situaciones ".


De vuelta en Perú después de su comisión de servicio de CABANA, Hannele Lindqvist-Kreuze comparte los resultados de su comisión de servicio.

Back in Peru after her CABANA secondment

Hannele Lindqvist-Kreuze, un criador molecular en el Centro Internacional de la Papa (CIP) en Lima, Perú, recientemente realizó una comisión de servicio de CABANA con José De Vega y su equipo en el Instituto Earlham en el Reino Unido. Hannele propuso el proyecto de comisión de servicio con el objetivo de aumentar la capacidad del obtentor latinoamericano de cultivos autopoliploides en el uso de herramientas genómicas modernas en sus programas de mejoramiento. El proyecto comenzó con datos existentes de la vida real generados en el programa de mejoramiento de la papa tetraploide CIP que se utilizó para desarrollar un flujo de trabajo bioinformático a partir de la identificación del marcador y terminando en la identificación de las regiones genómicas responsables del rasgo de interés. Finalmente, el flujo de trabajo se validará con otros datos. El flujo de trabajo y las herramientas ya se han utilizado como ejemplo durante el taller de CABANA "Explorando la biodiversidad a través de la bioinformática" que tuvo lugar en el CIP del 9 al 12 de abril de 2019, donde Hannele fue uno de los capacitadores. Hannele informa que ahora es mucho más fluida en el uso de Linux y R. Además, la red recién creada entre CIP y Earlham ha impulsado la exploración de un proyecto de investigación compartido.
Lea más sobre Hannele y otros secundadores de CABANA: https://www.cabana.online/secondees