Patricia Carvajal-López llegó al Instituto Europeo de Bioinformática, parte del Laboratorio Europeo Biología Molecular (EMBL-EBI), en el 2019 para realizar una pasantía de investigación con el proyecto CABANA. Su trabajo se centró en analizar el estado de la formación en bioinformática en Latinoamérica. Después comenzó en su puesto actual como Oficial de Formación Científica, encargándose de la organización e impartición de cursos formativos en ciencias de la vida. Hoy hablamos con Patricia sobre CABANA y el impacto que ha tenido en su carrera.

¿En qué consiste tu puesto actual y cómo has llegado hasta aquí?

Actualmente soy Oficial de Formación Científica en el Instituto Europeo de Bioinformática (EMBL-EBI). Mi puesto consiste en el desarrollo e impartición de cursos formativos en diferentes áreas de las ciencias de la vida. El 2019, durante mi pasantía con CABANA, empecé a trabajar con el equipo de Capacitación y Entrenamiento Científico del EMBL-EBI, y el 2021 me reintegré a este mismo equipo pero con el puesto actual. Gran parte de mi trabajo previo había estado relacionado con formación científica, la promoción de la ciencia y el fortalecimiento de comunidades de práctica. Disfruto trabajando en estas áreas y son fundamentales en mi puesto actual.

¿Cómo es un día cualquiera en tu trabajo?

Café, trabajo de oficina, mucha lectura, reuniones con diferentes grupos y compañeros, y, cuando hay cursos, impartir el evento en coordinación con nuestros compañeros de Organización de Eventos y los Administradores de Sistemas. ¿He mencionado ya el café?

Fuera de bromas, la formación de habilidades y destrezas científicas es esencial en el mundo académico y de la investigación, así que en mi día a día trabajo con diversos científicos, investigadores principales, grupos y personas involucradas en tareas de formación científica.

Cuéntanos sobre tu pasantía de investigación con el proyecto CABANA.

Compararía mi pasantía con el efecto de la bola de nieve rodando cuesta abajo. Los objetivos iniciales del proyecto fueron analizar el estado actual de la formación en bioinformática en América Latina y generar un programa de capacitación y entrenamiento en aspectos básicos de bioinformática y cómputo científico enfocado en licenciaturas/pre-grados en ciencias de la vida.

El proyecto cubrió estos dos objetivos, y adicionalmente se extendió a colaborar con otros compañeros e investigadores de Latinoamérica para la impartición de cursos de bioinformática básica y cursos de formación de instructores en español y portugues, la participación en eventos internacionales para promover la formación científica, la promoción de la ciencia con autoridades de mi país, evaluar marcos de competencias en bioinformática, colaborar con el equipo coordinador del encuentro anual sobre educación en bioinformática, y otras tareas relevantes para la formación y las comunidades de práctica de la región. 

¿Cuál ha sido el impacto de tu pasantía en tu trayectoria personal y profesional?

Soy una ingeniero en electrónica que eventualmente incursionó en las ciencias de la vida por medio de la bioinformática. Esto me hizo visualizar cómo es que metodologías empleadas en disciplinas ingenieriles pueden complementar las investigaciones biológicas y cómo es que habilidades técnicas como la programación benefician los análisis hechos en estas áreas. En este sentido la pasantía de investigación en CABANA fue una gran influencia. El proyecto me ha permitido ponerme en contacto con una gran comunidad internacional con el objetivo de promover el entrenamiento y capacitación científica e incrementar la presencia Latinoamericana en foros de renombre mundial. 

Me integré a equipos muy motivados en abordar diversas causas como la formación de capacidades bioinformáticas, la promoción de redes de colaboración en comunidades latinoamericanas, el abordar problemas como las barreras del idioma en la educación, la descentralización de la educación científica, entre otras.

Sin saber exactamente cuándo ocurrió, me convertí en una promotora académica en redes sociales como Twitter y en una defensora de la representación latinoamericana en las ciencias de la vida. Creo que todos estamos comprometidos a tener un efecto positivo en nuestras comunidades, y mi pasantía ha sido vital para que yo también haya tomado este camino.

Gracias a Daniel Thomas López por su contribución para traducir esta entrevista

Anunciamos la publicación de cuatro cursos para la comunidad bioinformática:

• Essentials Genomics
• Essentials Metagenomics part II
• Practical Transcriptomics: Expresión diferencial de genes aplicado a la producción de alimentos
• Practical Metagenomics: Tutorial de microbiomas usando QIIME2

Los autores son colaboradores del proyecto CABANA entre los que se encuentran Ángela Peña, Alejandro Sánchez, Randall Jiménez, Alejandro Madrigal, Alejandro Reyes y Rebeca Campos.

Todos los tutoriales están publicados en español e inglés para ser utilizados en la plataforma CABANA (https://www.cabana.online/elearning). Esperamos que estos recursos sean útiles para la docencia en las universidades y para los autodidactas. Te animamos a que los pruebes y los compartas con tus comunidades.

Podés ir a esta página web para comenzar y registrarte: https://www.cabana.online/

Un recorrido rápido por la plataforma también podría ser útil:

Video en inglés https://youtu.be/A6VJ3a5C7m0https://youtu.be/A6VJ3a5C7m0

Vídeo en español https://youtu.be/mDHh5bhGihE

Royal Society Publishing ha publicado recientemente un número especial de Interface Focus titulado Bioinformatics in Latin America: ISCB-LA SOIBIO RMB Symposium 2020 organizado por Alejandra Medina Rivera, Maribel Hernández Rosales, Diane Kovats, Javier De Las Rivas, Diego Ortega-Del Vecchyo, Yalbi Balderas, Selene Fernández Valverde, Allan Orozco, Bel Hanson, Seth Munholland y Cath Brooksbank.

Lea los artículos desde aquí https://royalsocietypublishing.org/toc/rsfs/2021/11/4

También hay una publicación de blog en https://royalsociety.org/blog/2021/06/advancing-bioinformatics-research-in-latin-america/

Una versión impresa también está disponible a un precio especial de £ 35.00 en debbie.vaughan@royalsociety.org

Las adscripciones de investigación de CABANA tienen como objetivo catalizar colaboraciones duraderas entre investigadores en América Latina y grupos de bioinformática en el Reino Unido.

Los científicos de América Latina pueden solicitar una adscripción de 6 meses para realizar un proyecto de investigación bioinformática en las áreas de desafío del proyecto CABANA. Sin embargo, esta convocatoria está enfocada en temas de interés para instituciones latinoamericanas como:

• El genoma del SARS-CoV-2, su evolución y epidemiología en América Latina.
• Secuenciación del genoma completo de la raza II y secuenciación de baja cobertura de doce aislados adicionales de la roya del café, Hemileia vastatrix.
• Análisis de la diversidad genética natural e inducida de poblaciones de café en Costa Rica y México utilizando GBS.
• Paleometagenómica de microbialitas en la Puna.
• El genoma de la yerba mate (Ilex paraguariensis).
• Explorando los microbiomas de suelos asociados con sistemas agrícolas contrastantes en América Latina. 
• Diversidad genómica de levaduras asociadas a la fermentación natural del agave.

Particularmente interesante esta vez, es que la mayoría (si no todas) las adscripciones serán virtuales, lo que permitirá una interacción más fácil con múltiples investigadores en la región y en EMBL-EBI. Busque más detalles aquí y presente su solicitud pronto, la fecha límite es el 12 de febrero de 2021.

La comunidad del proyecto CABANA ahora puede acceder a los primeros dos cursos de bioinformática llamados Fundamentos de Transcriptómica y Fundamentos de Metagenómica (parte I). La visión de estos recursos es que las personas pueden aprender bioinformática básica y de alto nivel en cualquiera de estos idiomas, español o inglés, porque el idioma a veces puede ser una barrera para aprender al principio. Los cursos actuales cubren la teoría de estos dos métodos, incluido el diseño experimental, las tecnologías de secuenciación y los pipelines básicos de bioinformática.

Estos cursos fueron desarrollados por científicos y profesores experimentados, y han pasado por un proceso de revisión para garantizar una ciencia buena y actualizada.

Planeamos publicar en los próximos meses el curso Fundamentos en Genómica y múltiples cursos prácticos con ejemplos de datos reales relevantes para las tres áreas de desafío de CABANA. ¡Es tiempo de aprovechar esta oportunidad en análisis de datos!

Vaya a esta página web para comenzar y registrarse: https://www.cabana.online/

Vea este video corto de la plataforma:

Video en inglés https://youtu.be/A6VJ3a5C7m0https://youtu.be/A6VJ3a5C7m0

Video en español https://youtu.be/mDHh5bhGihE

Las solicitudes ya están abiertas para que CABANA Travel Fellowships participe en la X Conferencia Internacional de Bioinformática - SoIBio + 10 que tendrá lugar en Montevideo (Uruguay) del 28 de octubre al 1 de noviembre de este año 2019 (https://sites.google.com/view/soibio19/home)

Condiciones:

1. Las becas de viaje de CABANA se otorgarán a científicos (principalmente estudiantes de doctorado o jóvenes postdoctorales) de países elegibles de América Latina (es decir, países indicados en el formulario de solicitud), que envíen una comunicación a la X Conferencia Internacional de Bioinformática - SoIBio + 10
2. Las Becas de Viaje CABANA ofrecerán a los becarios seleccionados una subvención para cubrir las tarifas de inscripción, el alojamiento en el hotel y los vuelos de regreso a la X Conferencia Internacional de Bioinformática - SoIBio + 10. La subvención tiene un límite máximo de £ 1125 por persona. La inscripción y el alojamiento se pagarán directamente a la Conferencia una vez que se seleccione al solicitante. El vuelo será reembolsado a cada compañero de viaje al presentar un formulario de reclamo de viaje (que será proporcionado por CABANA) que debe incluir una copia del boleto aéreo y los pases de abordar.
3. Las Becas de Viaje CABANA se otorgarán de acuerdo con la calidad de la comunicación científica enviada a la X Conferencia Internacional de Bioinformática - SoIBio + 10, pero también teniendo en cuenta el CV y las necesidades del solicitante. Se alienta especialmente a los investigadores en etapa temprana, las mujeres y los grupos subrepresentados a presentar su solicitud.
4. Para la solicitud, los candidatos deben completar este Formulario de solicitud de CABANA (https://forms.gle/DqM5jZ1R6xQzF7Yj6) y al mismo tiempo llenar el Formulario de inscripción de SoIBio + 10 en el sitio web de la Conferencia. En el formulario CABANA, se le pedirán los siguientes documentos: (i) copia del título y el resumen (500 palabras) de la comunicación enviada a la Conferencia; (ii) un breve CV (no más de 2 páginas que indiquen el grado, el estado actual y la institución); (iii) un breve presupuesto que calcula aproximadamente el costo de su vuelo (es decir, boletos de regreso a Montevideo).
5. La fecha límite para la solicitud de las Becas de Viaje CABANA es la medianoche UTC del viernes 6 de septiembre.

Mayra Osorio se ha unido al equipo de expresión génica EMBL-EBI por su comisión de servicio en CABANA. Organizado por la Dra. Irene Papatheodorou, el proyecto de Mayra es caracterizar y comparar la respuesta fenotípica al estrés por déficit hídrico de dos genotipos de cacao con un comportamiento fisiológico contrastante a este tipo de estrés. Usando un enfoque transcriptómico (RNAseq), espera desarrollar canales de análisis para el análisis de expresión diferencial de datos transcriptómicos, coexpresión y modelado de redes reguladoras y transcriptómica comparativa. Este conocimiento debería beneficiar a los programas de mejoramiento y contribuir a mejorar el rendimiento, la sostenibilidad y el bienestar en torno al cultivo de cacao.
Mayra está adscrita a la Pontificia Universidad Javeriana, Colombia, donde es estudiante de doctorado en el laboratorio de Biología de Cultivos y Plantas del Departamento de Biología.

El taller de Análisis Genómico de la Biodiversidad de Cultivos de CABANA usando R, tuvo lugar del 25 al 28 de junio de 2019, en LANGEBIO, CINVESTAV en México. Dieciocho delegados de cinco países recibieron capacitación en marcadores moleculares, programación R, agrupamiento jerárquico, diversas métricas de diversidad de marcadores de ADN, selección de subconjuntos centrales, asociación de fenotipo-genoma y diseño de estudios de biodiversidad. Según lo solicitado por los alumnos, también se cubrieron los conceptos y análisis sobre GWAS (Genome-Wide Association Studies). Los datos para las actividades prácticas provienen de microsatélites de maíz, transcriptoma de chile y un gran conjunto de datos de SNP de trigo. CABANA brindó becas a nueve delegados de América Latina. Nuestro agradecimiento a los instructores Octavio Martínez y José Manuel Villalobos-Escobedo (Langebio, Cinvestav, México) y M. Humberto Reyes-Valdés (Universidad Autónoma Agraria Antonio Narro, México).

¡Aprenda más sobre el proyecto CABANA en nuestro video! Conozca a los socios y escuche sobre el papel crucial que juega la bioinformática en el apoyo a la investigación en América Latina en las tres áreas de desafío de las enfermedades transmisibles, la producción sostenible de alimentos y la protección de la biodiversidad https://youtu.be/tUJ-Q4ODGbs. Video de Jeff Dowling, EMBL-EBI @jeffdowling

CABANA se complace en unirse al 3er simposio latinoamericano sobre desarrollo sostenible en el Imperial College de Londres en mayo. Cath Brooksbank, Marco Cristancho, Ian Willis y Piv Gopalasingam tuvieron la oportunidad de compartir los objetivos y el progreso del proyecto. Las secundarias de CABANA, Valeria Faggioli, Federico Vignale y Carla Valeria Filippi, presentaron su investigación sobre bioinformática en agricultura, sostenibilidad, conservación y biodiversidad, y en la obtención de girasol. "La experiencia de asistir y presentar resultados en el simposio fue impresionante por muchas razones", dijo Valeria Faggioli. ‘En primer lugar, podría reunirme con colegas de América Latina que trabajan en el Reino Unido en muchos temas relacionados con cuestiones clave sobre la sostenibilidad de la producción de alimentos en América Latina. Además, como miembro del Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria en Argentina, la reunión representó la oportunidad de generar redes internacionales para futuras colaboraciones con respecto al uso de la bioinformática en diferentes situaciones ".