Guillermo Rangel es ingeniero químico y microbiólogo de la Universidad de los Andes (Bogotá, Colombia), con una maestría en ciencias biológicas. Durante mi maestría, desarrolló un gran interés en la biología bacteriófaga y la ecología evolutiva, esto lo llevó a obtener un doctorado en este campo. En 2014 comenzó mi doctorado en la Universidad de Leicester (Leicester, Reino Unido) bajo la supervisión de la profesora Martha Clokie, realizando investigaciones que exploran la diversidad de los bacteriófagos de Streptococcus pneumoniae y aportando información sobre su papel en la virulencia neumocócica. Durante su doctorado, desarrolló una apreciación por las numerosas oportunidades que ofrecen la bioinformática y el análisis de grandes datos para el estudio de las interacciones bacteriófago-huésped a nivel de microbioma.

Project summary

Los virus carecen de genes marcadores universalmente conservados y, por lo tanto, requieren la aplicación de enfoques alternativos para su clasificación taxonómica en conjuntos de datos metagenómicos. El trabajo previo realizado por el equipo de investigación del Dr. Alejandro Reyes en la Universidad de los Andes identificó un subconjunto de modelos de modelos ocultos de Markov (HMM) que podrían servir como marcadores taxonómicos para una amplia gama de clados virales conocidos actualmente. Mi proyecto de adscripción de investigación, supervisado por el Dr. Rob Finn (EMBL-EBI) y el Dr. Alejandro Reyes, tiene como objetivo evaluar el perfil potencial que tienen los HMM para clasificar con precisión las secuencias virales de los conjuntos de datos metagenómicos en sus clados taxonómicos correspondientes. El resultado de este proyecto está destinado a contribuir a la expansión de la línea de análisis que actualmente emplea MGnify, la herramienta de análisis metagenómico de código abierto de EBI desarrollada por el equipo del Dr. Rob Finn.

Project outcomes and impact

Guillermo generó una tubería que detecta la presencia de contigs virales en ensamblajes metagenómicos e informa sobre su taxonomía correspondiente. Se probó en una variedad de conjuntos de datos metagenómicos disponibles al público. A nivel personal, la comisión de servicio le dio a Guillermo tanto las habilidades científicas como la confianza adicional para continuar con su nuevo puesto postdoctoral en la Universidad de los Andes.