Cei es egresado de la Licenciatura en Investigación Biomédica Básica y obtuvo su doctorado en Ciencias Bioquímicas, ambos en la Universidad Nacional Autónoma de México (UNAM). Realizó estancias posdoctorales con Anton Enright en el Wellcome Sanger Institute y el EMBL-EBI entre 2006-2010. Regresó a México para formar su grupo en Langebio, CINVESTAV, sobre Genómica Computacional de ARNs.

Project summary

El proyecto tiene como objetivo implementar y evaluar métodos para predecir la actividad de microARNs usando solamente los perfiles de expresión génica depositados en las bases de datos ArrayExpress y Expression Atlas del EMBL-EBI. De particular interés son los experimentos de secuenciación de RNA de células individuales, depositados en el “Single Cell Expression Atlas". En el futuro, el EBI podrá usar estos métodos predictivos para agregar más valor a la información que proporciona a la comunidad.

Project outcomes and impact

Durante la estancia corta, mostramos que métodos que fueron diseñados para predecir la actividad de microARNs usando datos de microarreglos pueden implementarse con éxito en estudios transcriptómicos a gran escala, incluidos los experimentos de secuenciación de células individuales. La naturaleza de los experimentos con células individuales permite agrupar los datos por tipo de célula, y esto mejora la predicción de la actividad de microARNs que se sabe son altamente específicos por tipo celular. Este proyecto continuará a través de una colaboración entre nuestros grupos (Irene Papatheodorou y Cei Abreu-Goodger), por lo que animamos a estudiantes interesados en participar a contactarnos.