Rodrigo Ochoa es un estudiante de doctorado de tercer año en Ciencias Químicas en la Universidad de Antioquia, Colombia, asociado con el Grupo Tándem Max Planck en Biofísica de Enfermedades Tropicales. Su investigación actual implica el desarrollo y la aplicación de metodologías computacionales para el diseño de péptidos de unión de alta afinidad a objetivos proteicos relevantes.

Project summary

El proyecto implicó el uso de simulaciones de bioinformática estructural y biofísica para diseñar péptidos que puedan usarse como vacunas potenciales para enfermedades tropicales desatendidas. Durante su proyecto de comisión de servicio en EMBL-EBI, Rodrigo realizó un análisis estructural de la promiscuidad de unión de los alelos MHC clase II. Una parte complementaria de su trabajo incluyó el estudio de algunos perfiles de interacción de proteasas de interés para el grupo de investigación del grupo de la profesora Janet Thornton, utilizando herramientas estructurales y evolutivas similares.

Project outcomes and impact

A partir de su comisión de servicio, se están preparando dos publicaciones potenciales. Ambos están relacionados con el modelado y la simulación de complejos péptido-proteína para caracterizar, desde una perspectiva estructural, su promiscuidad de unión. Los resultados son útiles para el diseño y el filtro de aglutinantes que pueden usarse como alternativas terapéuticas o subunidades de vacuna. Además, Rodrigo organizó el Taller Latinoamericano en Bioinformática Estructural de Proteínas con la ayuda de capacitadores de CABANA. El evento se llevará a cabo en Medellín a fines de septiembre de 2019, con la participación del Dr. David Armstrong de PDBe y oradores adicionales de México y Colombia en el programa. Con esta iniciativa, Rodrigo y sus colaboradores contribuirán al apoyo de investigadores latinoamericanos que trabajan en bioinformática estructural.